En 1845, Sir John Franklin lideró una expedición en nombre de la Royal Navy británica para encontrar y explorar la última porción del Paso del Noroeste, sin importar el costo. La Royal Navy le dio a Franklin dos barcos pesados (HMS Terror y HMS Erebus) llenos de equipos científicos, 1000 libros, una tripulación de 128 hombres y suficiente comida para durar tres años. Partieron de Inglaterra en mayo y encontraron balleneros a lo largo de la costa oeste de Groenlandia en agosto. Allí, esperaron condiciones meteorológicas más favorables para cruzar el Lancaster Sound. Una vez que mejoró el tiempo, navegaron en aguas desconocidas, y nadie volvió a saber de ellos...
Su desaparición provocó un gran tumulto en la opinión pública, y numerosas expediciones británicas y estadounidenses intentaron encontrar su rastro. Como líderes de estas expediciones en Expedition: Northwest Passage, los jugadores deben aventurarse en estas peligrosas aguas árticas para descubrir el destino de Franklin y tener éxito donde él fracasó: encontrando el Paso del Noroeste. Los jugadores asignan a sus tripulantes en su barco o en su trineo para realizar diversas acciones como explorar, moverse o reunir pistas sobre el paradero de la expedición de Franklin.
A medida que avanza el juego, las estaciones pasarán y partes del mar se congelarán, bloqueando el paso de los barcos. Los jugadores adquieren puntos de victoria al reunir pistas, mapear el área y, por supuesto, descubrir el Paso del Noroeste. Sin embargo, para reclamar la victoria, uno debe regresar a casa a Groenlandia a tiempo!