Die häufigen Erschütterungen, die drohenden Wolken über dem Krater und der immer stärker werdende Schwefelgeruch machen deutlich, dass es Zeit ist zu fliehen. Leite deinen Stamm durch die Gewässer des Pazifiks auf der Suche nach einem neuen Zuhause, sicher vor dem bevorstehenden Ausbruch des Vulkans. Erkunde neue Seewege, die zu unbesuchten Inseln führen, sammle Ressourcen auf diesen Inseln, um sie anderen Stämmen im Austausch für ihr Wissen anzubieten, und segle weiter auf der Suche nach einem sicheren Ort — all dies geschieht, um so viele Mitglieder deines Stammes wie möglich zu retten und sie in neue Länder zu führen, in denen sie gedeihen können. Die erfolgreichste Person in dieser schwierigen Mission wird zum obersten Häuptling der polynesischen Stammesgruppe ernannt.
In Polynesia müssen die Spieler ihre Stammesmitglieder vor den Gefahren des Vulkans retten, indem sie sie zu den Inseln bringen, die ihnen die meisten Punkte bringen. Gleichzeitig müssen die Spieler versuchen, die Ziele zu erreichen, die durch die Gezeitenkarten festgelegt werden, die von Spiel zu Spiel variieren. Um erfolgreich zu sein, müssen die Spieler Ressourcen in Form von Fischen und Muscheln sammeln, die es ihnen ermöglichen, neue Seewege zu erkunden, die Routen anderer Spieler zu nutzen und von einer Insel zur anderen zu segeln.
Polynesia wird in Runden gespielt, und jede Runde ist in zwei Phasen unterteilt. In der Aktionsphase hat jeder Spieler drei Züge, in denen er eine von drei Aktionen ausführen kann: segeln, erkunden oder bevölkern und fischen. In der Wartungsphase wird die Vulkanaktivität überprüft, und jeder Spieler kann Ressourcen sammeln, abhängig von den Inseln, auf denen er Stammesmitglieder hat.