Em 1845, Sir John Franklin liderou uma expedição em nome da Royal Navy britânica para encontrar e explorar a última parte da Passagem do Noroeste, independentemente do custo. A Royal Navy deu a Franklin dois navios pesados (HMS Terror e HMS Erebus) cheios de equipamentos científicos, 1000 livros, uma tripulação de 128 homens e comida suficiente para durar três anos. Eles deixaram a Inglaterra em maio e encontraram baleeiros ao longo da costa oeste da Groenlândia em agosto. Lá, esperaram por condições climáticas mais favoráveis para a travessia do Lancaster Sound. Assim que o tempo melhorou, navegaram em águas desconhecidas, e ninguém nunca mais ouviu falar deles...
A sua desaparecimento provocou um grande tumulto na opinião pública, e numerosas expedições britânicas e americanas tentaram encontrar seu rastro. Como líderes dessas expedições em Expedition: Northwest Passage, os jogadores devem se aventurar nessas perigosas águas árticas para descobrir o destino de Franklin e ter sucesso onde ele falhou – encontrando a Passagem do Noroeste. Os jogadores alocam seus tripulantes em seu navio ou em seu trenó para realizar várias ações, como explorar, mover-se ou reunir pistas sobre o paradeiro da expedição de Franklin.
À medida que o jogo avança, as estações passarão e partes do mar ficarão congeladas, bloqueando o caminho para os navios. Os jogadores adquirem pontos de vitória ao reunir pistas, mapear a área e – claro – descobrir a Passagem do Noroeste. No entanto, para reivindicar a vitória, é preciso voltar para casa na Groenlândia a tempo!